El ente comenzó sus actividades el 1 de marzo de 1994. Había sido constituido a partir de la aprobación de la Ley Provincial Nº 11.414 en el mes de julio de 1993.
El Consorcio de Gestión del Puerto de Quequén está conformado por un directorio que cuenta con representantes del estado provincial, el municipio del Partido de Necochea, representantes sindicales y del sector privado.
Actualmente el ente público no estatal tiene en la presidencia a Jorge Álvaro y su Gerente General es José Oscár Morán. Además integran el directorio: Juan Carlos Peralta, Mario Goicoechea, Artemio Zufriategui, Daniel Monjes, Alejandro Gallego, Carina Gonzalez y Daniel Arce.
En estos 28 años estuvieron al frente del Consorcio de Gestión de Puerto Quequén distintas personalidades como Arturo Rojas, José Luis de Gregorio, Luis María Alsinet, Norberto Jacob, Carlos Jacob, Mario Goicoechea, Martín Caraffo.
